臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標在處理和分析生物樣品時（如血漿、血清、全血、尿液和組織），經(jīng)常會發(fā)生分析物的損失和信號的波動，這些情況可發(fā)生在樣品轉(zhuǎn)移、吸附、蒸發(fā)、進樣體積變化等過程中，尤其在質(zhì)譜檢測時，來自基質(zhì)的離子化抑制或增強可引起質(zhì)譜檢測信號的變化（基質(zhì)效應）。通過向同—分析批的所有樣品中加入等量的跟分析物具有相似物理化學性質(zhì)的內(nèi)標，并用分析物與內(nèi)標的響應值比進行定量計算，絕大部分分析物信號的波動和量上的損失都可以得到矯正。使用—個好的內(nèi)標可以極大地提高生物分析結(jié)果的準確度、精密度和分析方法的可靠性。
臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標定量分析中的應用有時也被稱為同位素稀釋質(zhì)譜（IDMS）。為降低同位素干擾的影響，SIL-IS的分子質(zhì)量好比未標記的分析物高出4~5個質(zhì)量單位。當然，這也不是那么絕對，很多其他因素也得考慮，如化合物的純度和檢測的濃度范圍。在同位素內(nèi)標當中，13C或15N標記的內(nèi)標通常優(yōu)于氘（2H、D或d）標記的內(nèi)標，盡管氘標記的內(nèi)標容易合成也更便宜。在合成氘標記的內(nèi)標時，應注意氘原子的取代位置，以確保在樣品制備過程中不發(fā)生氘-氫交換。
臨床質(zhì)譜代謝內(nèi)標在這種情況下也可以使用結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標。結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標最好與分析物具有相同的關鍵化學結(jié)構(gòu)和官能團（如—COOH、—SO2、—NH2、鹵素和雜原子），差別僅限于C—H部分（長度或位置）。如果關鍵化學結(jié)構(gòu)或官能團不同，這將導致離子化效率和提取回收率（RE）的差異。此外，結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標不應與藥物在體內(nèi)生物轉(zhuǎn)化產(chǎn)生的任何產(chǎn)物（如羥基化代謝產(chǎn)物和N-脫烷基化代謝產(chǎn)物）相同，否則會產(chǎn)生干擾。結(jié)構(gòu)類似物內(nèi)標可從與分析物同類的治療藥物中尋找或通過關鍵化學結(jié)構(gòu)來搜尋。一旦找到了結(jié)構(gòu)類似物，在做實驗之前，可使用計算機軟件程序（如Pallas）來評估它們的物理化學性質(zhì)，如logD值（疏水性）與pK等，并與分析物做比較來確定所選的內(nèi)標是否合適。
